بررسی کارایی روش‌های مختلف استخراج آر.ان.آ در شناسایی ویروس موزاییک کدو (Squash mosaic virus)

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 1، دوره 34، شماره 2 - شماره پیاپی 48، تیر 1399، صفحه 145-152   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v34i2.72088

نویسندگان

محدثه گرامی نوقابی؛ محمد زکی عقل؛

دانشگاه فردوسی مشهد

چکیده

تخریب اسید نوکلئیک در طی فرآیند استخراج آن از بافت گیاهی و نیز وجود مواد بازدارنده از عمده‌ترین معضلات خالص‌سازی ژنوم ویروس‌های گیاهی است. به منظور ردیابی موثر ویروس موزاییک کدو از بافت خربزه از مزارع آلوده، چهار روش مختلف استخراج RNA با یکدیگر مقایسه و روش استخراج اسیدنوکلئیک از این گیاه بهینه شد. کیفیت اسیدنوکلئیک استخراج شده به وسیله آزمون زنجیره‌ای پلی‌مراز با نسخه‌برداری معکوس و به کمک دو جفت آغازگر متفاوت تعیین شد. در بین روش‌های استخراج تفاوت چشمگیری وجود داشت به نحوی‌که بعضی از روش‌ها قادر به ردیابی ویروس از بافت گیاهی نبودند. در بین روش‌های مورد مقایسه، روش استخراج dsRNA با سلولز به علت خالص‌سازی انحصاری اسیدنوکلئیک ویروسی از بافت گیاه، بیشترین و بهترین اسیدنوکلئیک را در پی داشت و ردیابی ویروس در اغلب نمونه‌ها را ممکن می‌نمود.

کلیدواژه‌ها

واژه های کلیدی: استخراج نوکلئیک اسید؛ مقایسه؛ ویروس موزاییک کدو

مراجع

1- Bahloul M., and Burkard G. 1993. An improved method for the isolation of total RNA from spruce tissues. Plant Molecular Biology Reporter 11: 212-215.

2- Bananej K., and Vahdat A. 2008. Identification, distribution and incidence of viruses in field grown cucurbit crops of Iran. Phytopathology Mediterranean 47: 247-257.

3- Campbell R.N. 1971. Squash mosaic virus. Description of plant viruses. Applied Biology 43-47.

4- Chang S., Puryear J., and Cairney J. 1993. A simple and efficient method for isolation RNA from Pine trees. Journal of Plant Molecular Biology 11: 113-116.

5- Fenby N.S., Scott N.W., Slater A., Elliott M.C. 1995. PCR and nonisotopic labeling techniques for plant virus detection. Cell Molecular Biology 41: 639–652.

6- Freitag J.H. 1956. Beetle transmission, host range, and properties of Squash mosaic virus. Phytopathology 46: 73-81.

7- Gambino G., Perrone I., and Gribaudo I. 2008. A rapid and effective method for RNA extraction from different tissues of grapevine and other woody plants. Phytochemical Analysis 19: 520–525.

8- Gawande S.J., Shukla A., Chimote V.P., Kaushal N., Kaunda P.I., Garg D., and Chimote, K.P. 2011. Development of PCR-Based Techniques for the Detection of Immobilised Potato Virus Y Virions. Journal of Plant Pathology 93: 127-132.

9- Gholampour Z., and Zaki Aghl M. 2016. Comparison of RNA extraction methods for identification of Grapevine fan leaf virus. Journal of Plant Protection 30: 127-133.

10- Goldbach R.W., and Wellink J. 1996. Comoviruses: molecular biology and replication. In The Plant viruses. Polyhedral Virions and Bipartite RNA Genomes 4: 35-76.

11- Haudenshield J.S., and Palukaitis P. 1998. Diversity among isolates of squash mosaic virus. Journal of Gen Virology 79: 2331–2341.

12- Hebert T.T. 1963. Precipitation of plant viruses by polyethylene glycol. Phytopathology 53: 362-365.

13- Henson J.M., and French R. 1993. The polymerase chain reaction and plant disease diagnosis. Annual Review Phytopathology 31: 81–109.

14- Hull, R. 2002. Mathews Plant Virology. Academic press. New York.

15- Khankhum S., Escalante C., Rodrigues E., Souto R., and Valverde R.A. 2016. Extraction and electrophoretic analysis of large dsRNAs from desiccated plant tissues infected with plant viruses and biotrophic fungi. European Journal of Plant Pathology 53: 362–369.

16- Lequin R.M. 2005. "Enzyme Immunoassay (EIA)/Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). Clinical Chemistry 51: 2415–2418.

17- Nelson M.R., and Knuhtsen H.K. 1973. Squash mosaic virus variability: review and serological comparisons of six biotypes. Phytopathology 63: 920–926.

18- Privvidenti R., Gonsalves D., and Humaydan H.S. 1984. Occurrence of Zucchini yellow mosaic virus in cucurbits from Connecticut, New York, Florida, and California. Plant Disease 68: 443-446.

19- Salzman R.A., Fujita T., Zhu-Salzman K., Hasegawa P.M., and Bressan R.A. 1999. An improved RNA isolation method for plant tissues containing high levels of phenolic compounds or carbohydrates. Plant Molecular Biology Reporter 17: 11-17.

20- Schmidt S.D., Mazzella M.J., Nixon R.A., and Mathews P.M. 2012. Measurement by enzyme-linked immunosorbent assay. Methods in Molecular Biology 849: 507–527.

21- Singh R.P. 1998. Reverse-transcription polymerase chain reaction for the detection of viruses from plants and aphids. Journal of Virological Methods 74: 125–138.

22- Svoboda J., and Leisova-Svobodova L. 2011. First report of Squash mosaic virus in ornamental pumpkin in the Czech Republic. Plant Disease 95(10): 1321-1321.

23- Van Kammen A. 1967. Purification and properties of the components of cowpea mosaic virus. Virology 31: 633–642.

24- Wellink J. 1998. Comovirus isolation and RNA extraction. Methods in Molecular Biology 81: 205-209.