اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات56
تعداد شماره‌ها2,150
تعداد مقالات22,199
تعداد مشاهده مقاله97,833,116
تعداد دریافت فایل اصل مقاله35,398,176
یامی, حجت الله, طهمورث پور, مجتبی, سخاوتی, محمدهادی, جوادمنش, علی. (1402). بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام‌رسان NF-кB در محیط شبیه‌سازی شده مولکولی (In silico). سامانه مدیریت نشریات علمی, 15(2), 285-297. doi: 10.22067/ijasr.2023.78545.1100
حجت الله یامی; مجتبی طهمورث پور; محمدهادی سخاوتی; علی جوادمنش. "بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام‌رسان NF-кB در محیط شبیه‌سازی شده مولکولی (In silico)". سامانه مدیریت نشریات علمی, 15, 2, 1402, 285-297. doi: 10.22067/ijasr.2023.78545.1100
یامی, حجت الله, طهمورث پور, مجتبی, سخاوتی, محمدهادی, جوادمنش, علی. (1402). 'بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام‌رسان NF-кB در محیط شبیه‌سازی شده مولکولی (In silico)', سامانه مدیریت نشریات علمی, 15(2), pp. 285-297. doi: 10.22067/ijasr.2023.78545.1100
یامی, حجت الله, طهمورث پور, مجتبی, سخاوتی, محمدهادی, جوادمنش, علی. بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام‌رسان NF-кB در محیط شبیه‌سازی شده مولکولی (In silico). سامانه مدیریت نشریات علمی, 1402; 15(2): 285-297. doi: 10.22067/ijasr.2023.78545.1100

بررسی اثر مهاری پپتید CLF36 مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام‌رسان NF-кB در محیط شبیه‌سازی شده مولکولی (In silico)

پژوهشهای علوم دامی ایران
مقاله 11، دوره 15، شماره 2 - شماره پیاپی 54، تیر 1402، صفحه 285-297    اصل مقاله (1.38 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.2023.78545.1100
نویسندگان
حجت الله یامی1؛ مجتبی طهمورث پور* 2؛ محمدهادی سخاوتی2؛ علی جوادمنش2
1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی،دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
2گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.
چکیده
هدف از این مطالعه، بررسی اثرات مهاری لاکتوفرامپین- لاکتوفریسین شتری نوترکیب بر مسیر فاکتور هسته‌ای کاپا B (NF-кB) بود. این پپتید (CLF36) که با مطالعه قبلی در آزمایشگاه بیوتکنولوژی گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد (شماره دسترسی بانک ژن: MH327768.1) تهیه شده است. اثرات بازدارندگی این پپتید با شبیه‌سازی داکینگ مولکولی (In silico) ارزیابی شد. داده‌های پروتئین برای مسیر پیام‌رسان NF-кB از بانک داده‌های پروتئین (PDB) و UniProt جمع‌آوری شد. سپس، شبیه‌سازی برهم‌کنش (داکینگ) پپتید CLF36 با مسیر پیام‌رسان NF-кB در بالادست، سایتوکین‌های پیش‌التهابی (مانند TNF-α و IL-6) و در پایین‌دست، IKK-β وNF-κB-p65  سیتوپلاسمی با استفاده از نرم‌افزار آنلاین  ClusPro 2.0انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی بر اساس برهم‌کنش‌های مولکولی این پپتید با جایگاه فعال پروتئین‌های مسیر NF-кB نشان داد که ممکن است نقش تعدیل‌کنندگی و ضدالتهابی در فرآیندهای ایمنی را با اثر مهاری بر روی سایتوکین‌های TNF-α و IL-6 در بالادست و IKK-β و NF-κB-p65 در پایین دست مسیر پیام‌رسان NF-кB  داشته باشد. این نتایج مشابه با اثرات مهاری Infliximab،Camelid Fab، NEMO و GILZ بر روی مسیر پیام‌رسان NF-кB است. علاوه‌براین، این یافته‌ها ممکن است یک مبنای نظری برای مکانیسم‌های درمانی پپتید CLF36 فراهم کند.
کلیدواژه‌ها
سایتوکین‌های پیش‌التهابی؛ شبیه‌سازی داکینگ مولکولی؛ مسیر فاکتور هسته‌ای کاپا B
مراجع
  1. Berlutti, F., Pantanella, F., Natalizi, T., Frioni, A., Paesano, R., Polimeni, A., & Valenti, P. (2011). Antiviral properties of lactoferrin—a natural immunity molecule. Molecules, 16(8), 6992-7018. https://doi.org/10.3390/molecules16086992
  2. Blanchetot, C., De Jonge, N., Desmyter, A., Ongenae, N., Hofman, E., Klarenbeek, A., Sadi, A., Hultberg, A., Kretz-Rommel, A., & Spinelli, S. (2016). Structural mimicry of receptor interaction by antagonistic interleukin-6 (IL-6) antibodies. Journal of Biological Chemistry, 291(26), 13846-13854. https://doi.org/1074/jbc.M115.695528
  3. Bolscher, G., Adão, R., Nazmi, K., Van den Keybus, P. A., Van’t Hof, W., Amerongen, A. V. N., Bastos, M., & Veerman, E. C. (2009). Bactericidal activity of LFchimera is stronger and less sensitive to ionic strength than its constituent lactoferricin and lactoferrampin peptides. Biochimie, 91(1), 123-132. https://doi.org/10.1016/j.biochi.2008.05.019
  4. Boswell, C. A., Tesar, D. B., Mukhyala, K., Theil, F. P., Fielder, P. J., & Khawli, L. A. (2010). Effects of charge on antibody tissue distribution and pharmacokinetics. Bioconjugate Chemistry, 21(12), 2153-2163. https://doi.org/10.1021/bc100261d
  5. Chen, Y. Q., Sengchanthalangsy, L. L., Hackett, A., & Ghosh, G. (2000). NF-κB p65 (RelA) homodimer uses distinct mechanisms to recognize DNA targets. Structure, 8(4), 419-428. https://doi.org/10.1016/S0969-2126(00)00123-4
  6. Daneshmand, A., Kermanshahi, H., Sekhavati, M. H., Javadmanesh, A., & Ahmadian, M. (2019). Antimicrobial peptide, cLF36, affects performance and intestinal morphology, microflora, junctional proteins, and immune cells in broilers challenged with coli. Scientific Reports, 9(1), 1-9. https://doi.org/10.1038/s41598-019-50511-7
  7. Daneshmand, A., Kermanshahi, H., Sekhavati, M. H., Javadmanesh, A., Ahmadian, M., Alizadeh, M., & Aldawoodi, A. (2020). Effects of cLFchimera peptide on intestinal morphology, integrity, microbiota, and immune cells in broiler chickens challenged with necrotic enteritis. Scientific Reports, 10(1), 11-1. https://doi.org/10.1038/s41598-020-74754-x
  8. Dinarello, C. A. (2007). Historical insights into cytokines. European Journal of Immunology. European Journal of Immunology, 37(1), 34-45. https://doi.org/10.1002/eji.200737772
  9. Embleton, N. D., Berrington, J. E., McGuire, W., Stewart, C. J., & Cummings, S. P. (2013). Lactoferrin: Antimicrobial activity and therapeutic potential. Seminars in Fetal and Neonatal Medicine. Seminars in Fetal and Neonatal Medicine, 18(3), 143-149. https://doi.org/10.1016/j.siny.2013.02.001
  10. Florio, T. J., Lokareddy, R. K., Yeggoni, D. P., Sankhala, R. S., Ott, C. A., Gillilan, R. E., & Cingolani, G. (2022). Differential recognition of canonical NF-κB dimers by Importin α3. Nature Communications, 13(1), 1-16. https://doi.org/10.1038/s41467-022-28846-z
  11. Hayden, M., West, A., & Ghosh, S. (2006). NF-κB and the immune response. Oncogene, 25(51), 6758-6780. https://doi.org/10.1038/sj.onc.1209943
  12. Hu, S., Liang, S., Guo, H., Zhang, D., Li, H., Wang, X., Yang, W., Qian, W., Hou, S., & Wang, H. (2013). Comparison of the inhibition mechanisms of adalimumab and infliximab in treating tumor necrosis factor α-associated diseases from a molecular view. Journal of Biological Chemistry, 288(38), 27059-27067. https://doi.org/1074/jbc.M113.491530
  13. Kanwar, J. R., Roy, K., Patel, Y., Zhou, S.F., Singh, M. R., Singh, D., Nasir, M., Sehgal, R., Sehgal, A., & Singh, R. S. (2015). Multifunctional iron bound lactoferrin and nanomedicinal approaches to enhance its bioactive functions. Molecules, 20(6), 9703-9731. https://doi.org/10.3390/molecules20069703
  14. Kopp, E., & Ghosh, S. (1994). Inhibition of NF-κB by sodium salicylate and aspirin. Science, 265(5174), 956-959. https://doi.org/10.1126/science.8052854
  15. Kozakov, D., Beglov, D., Bohnuud, T., Mottarella, S. E., Xia, B., Hall, D. R., & Vajda, S. (2013). How good is automated protein docking?. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 81(12), 2166-2159. https://doi.org/10.1002/prot.24403
  16. Kozakov, D., Hall, D. R., Xia, B., Porter, K. A., Padhorny, D., Yueh, C., Beglov, D., & Vajda, S. (2017). The ClusPro web server for protein–protein docking. Nature Protocols, 12(2), 255-278. https://doi.org/10.1038/nprot.2016.169
  17. Kraus, T., Winter, G., & Engert, J. (2019). Test models for the evaluation of immunogenicity of protein aggregates. International Journal of Pharmaceutics, 559(1), 192-200. https://doi.org/10.1016/j.ijpharm.2019.01.015
  18. Leboffe, L., Giansanti, F., & Antonini, G. (2009). Antifungal and antiparasitic activities of lactoferrin. Anti-Infective Agents in Medicinal Chemistry .Formerly Current Medicinal Chemistry-Anti-Infective Agents, 8(2), 114-127. https://doi.org/2174/187152109787846105
  19. Liang, S., Dai, J., Hou, S., Su, L., Zhang, D., Guo, H., Hu, S., Wang, H., Rao, Z., & Guo, Y. (2013). Structural basis for treating tumor necrosis factor α (TNFα)-associated diseases with the therapeutic antibody infliximab. Journal of Biological Chemistry, 288(19), 13799-13807. https://doi.org/10.1074/jbc.M112.433961
  20. Nemati, M., Akseh, S., Amiri, M., Nejabati, H. R., Jodati, A., Maroufi, N. F., Faridvand, Y., & Nouri, M. (2021). Lactoferrin suppresses LPS-induced expression of HMGB1, microRNA 155, 146, and TLR4/MyD88/NF-кB pathway in RAW264. 7 cells. Immunopharmacology and Immunotoxicology, 43(2), 153-159. https://doi.org/10.1080/08923973.2021.1872616
  21. Rushe, M., Silvian, L., Bixler, S., Chen, L. L., Cheung, A., Bowes, S., Cuervo, H., Berkowitz, S., Zheng, T., & Guckian, K. (2008). Structure of a NEMO/IKK-associating domain reveals architecture of the interaction site. Structure, 16(5), 798-808. https://doi.org/10.1016/j.str.2008.02.012
  22. Song, L., Xie, W., Liu, Z., Guo, D., Zhao, D., Qiao, X., Wang, L., Zhou, H., Cui, W., & Jiang, Y. (2019). Oral delivery of a Lactococcus lactis strain secreting bovine lactoferricin–lactoferrampin alleviates the development of acute colitis in mice. Applied Microbiology and Biotechnology, 103(15), 6169-6186. https://doi.org/10.1007/s00253-019-09898-6
  23. Srinivasan, M., Blackburn, C., & Lahiri, D. K. (2014). Functional characterization of a competitive peptide antagonist of p65 in human macrophage-like cells suggests therapeutic potential for chronic inflammation. Drug Design, Development and Therapy, 8(1), 2409-2419. https://doi.org/10.2147/DDDT.S59722
  24. Tang, X. S., Shao, H., Li, T. J., Tang, Z. R., Huang, R. L., Wang, S. P., Kong, X. F., Wu, X., & Yin, Y. L. (2012). Dietary supplementation with bovine lactoferrampin–lactoferricin produced by Pichia pastoris fed-batch fermentation affects intestinal microflora in weaned piglets. Applied Biochemistry and Biotechnology, 168(4), 887-898. https://doi.org/10.1007/s12010-012-9827-0
  25. Tanhaeian, A., Ahmadi, F. S., Sekhavati, M. H., & Mamarabadi, M. (2018). Expression and purification of the main component contained in camel milk and its antimicrobial activities against bacterial plant pathogens. Probiotics and Antimicrobial Proteins, 10(4), 787-793. https://doi.org/10.1007/s12602-018-9416-9

 

آمار
تعداد مشاهده مقاله: 2,599
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,381


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب