شناسایی کل ریزماهوارهها در ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم | ||
| پژوهشهای علوم دامی ایران | ||
| مقاله 11، دوره 13، شماره 1 - شماره پیاپی 45، بهار 1400، صفحه 151-160 اصل مقاله (1.43 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.v13i1.85088 | ||
| نویسندگان | ||
| ناهیده زارع1؛ نعمت هدایت ایوریق* 2؛ رضا سید شریفی3؛ رضا خلخالی ایوریق4؛ آزاده بوستان5 | ||
| 1گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران | ||
| 2گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. | ||
| 3گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقـق اردبیلی، اردبیل، ایران. | ||
| 4دکتری ژنتیک و اصلاح دام و طیور - دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. | ||
| 5گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. | ||
| چکیده | ||
| شترهای دوکوهانه یکی از مقاومترین گونههای حیوانی در برابر شرایط سخت محیطی به شمار میروند که تعداد آنها در ایران در محدوده خطر قرار گرفته است. شناخت هر چه بهتر و دقیقتر این گونه، به خصوص در سطح مطالعات ژنومی، میتواند از طریق طراحی برنامههای مدیریت تنوع ژنتیکی، به حفظ این گونه کمک کند. هدف از انجام این مطالعه شناسایی ریزماهوارههای ژنوم شترهای دوکوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کل ژنوم بود. در مطالعه حاضر از تعداد شش نفر شتر دوکوهانه متعلق به استان اردبیل خونگیری صورت گرفت. توالییابی کامل ژنوم شترهای دوکوهانه با استفاده از پلتفرم ایلومینا و به صورت دو انتها (Paired-end) با اندازه 100 جفت باز از هر طرف انجام شد. بعد از پالایش کیفی خوانشها، گردآوری از نو آنها صورت گرفته و با استفاده از برنامه MISA به شناسایی تمام ریزماهوارههای ژنومهای مورد مطالعه پرداخته شد. اندازه ژنومهای گردآوری شده برای شترهای دوکوهانه مورد مطالعه، در محدوده Gb 90/1 برای نمونه یک تا Gb 97/1 برای نمونه سه قرار داشت. مقدار N50 مربوط به کانتیگهای ایجاد شده برای شترهای دوکوهانه ایرانی از kb 1/19 برای نمونه یک تا kb 7/51 برای نمونه پنج متغیر بود. ریزماهوارههای شناسایی شده در اندازه یک تا هشت نوکلئوتید بودند. کل ریزماهوارههای شناسایی شده برای نمونههای شترهای دوکوهانه ایرانی در محدوده 136028 برای نمونه دو تا 539555 برای نمونه سه قرار داشت. همچنین با شناسایی ریزماهوارههای هفت گونه پستاندار دیگر در این مطالعه، به مقایسه نتایج به دست آمده آنها با شتر دوکوهانه ایرانی پرداخته شد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ایران؛ توالییابی کل ژنوم؛ ریزماهواره؛ شتر دوکوهانه | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 10,204 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,281 |
||