مطالعه بیان افتراقی ژن های بافت رحم مرتبط با کیفیت پوسته تخم مرغ با استفاده از داده های ترانسکریپتومیکس

پژوهشهای علوم دامی ایران

مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 04 تیر 1401  

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.2022.73912.1055

نویسندگان

میلاد غلامی طاحونه ¹؛ حسین مرادی شهربابک²

¹دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام و طیور، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

²دانشگاه تهران

چکیده

با توجه به نقش کیفیت مطلوب پوسته تخم مرغ در مواردی همچون حمل‌ونقل و تبادلات گازی محتوای داخل تخم مرغ با بیرون از آن و نیز یکی از روش‌های بهبود صفات، با تکیه بر ساختار ژنتیکی صفت، اعمال انتخاب ژنتیکی است؛ در این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژن‌های شاخص با بیان متفاوت، داده‌های خام توالی ترانسکریپتوم دو گروه مرغ با پوسته تخم سخت و ضعیف در سه مرحله از دوره‌ی آهکی شدن پوسته به ترتیب شامل مراحل شروع، رشد و خاتمه مورد بررسی قرار گرفت. ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 18 نمونه از بافت رحم با سه تکرار در هر مرحله از هر گروه از پایگاه داده NCBI اخذ گردید و سپس به ترتیب مراحل پیش‌پردازش خوانش‌ها با نرم افزارهای SRAtookit، fastQC و Trimmomatic، هم‌ردیفی و مکان‌یابی خوانش‌ها با نرم افزارهای Hisat2 و Samtools و سپس آنالیز بیان و بیان افتراقی با پکیج نرم افزاری Cufflinks انجام شد، در انتها آنالیز هستی شناسی ژن‌های شاخص در دو پایگاه داده DAVID و Ensemble مورد بررسی قرار گرفت. در نتیجه‌ی آنالیز بیان افتراقی، 28833 ژن بر روی ترانسکریپتوم نمونه‌ها شناسایی شد که درنهایت 1338 ژن در مرحله شروع، 81 ژن در مرحله رشد و 190 ژن در مرحله خاتمه با بیان متفاوت و معنی‌دار شناسایی شد (P<0.00025). با در نظر گرفتن log2(fold_change)> 4 و log2(fold_change)< -4، 51 ژن در مرحله شروع، دو ژن در مرحله رشد و چهار ژن در مرحله خاتمه به عنوان شاخص‌ترین ژن‌ها با بیان متفاوت ومعنی‌دار مشخص شدند. آنالیز هستی‌شناسی ژن‌های شاخص نشان داد، به طور عمده به ترتیب در فعالیت‌های اتصال پروتئین، تنظیم رونویسیDNA، پاسخ ایمنی، متابولیسم چربی و اتصال یون کلسیم نقش دارند.

کلیدواژه‌ها

آهکی شدن پوسته؛ بیان افتراقی ژن؛ پوسته تخم مرغ؛ ترانسکریپتوم؛ هستی شناسی ژن