تعداد نشریات | 49 |
تعداد شمارهها | 1,778 |
تعداد مقالات | 18,927 |
تعداد مشاهده مقاله | 7,796,980 |
تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 5,092,395 |
مطالعه بیان افتراقی ژنهای بافت رحم مرتبط با کیفیت پوسته تخم مرغ با استفاده از دادههای ترانسکریپتومیکس | ||
پژوهشهای علوم دامی ایران | ||
مقاله 9، دوره 15، شماره 1 - شماره پیاپی 53، اسفند 1402، صفحه 107-121 اصل مقاله (732.18 K) | ||
نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.2022.73912.1055 | ||
نویسندگان | ||
میلاد غلامی طاحونه* ؛ حسین مرادی شهربابک | ||
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران. | ||
چکیده | ||
با توجه به نقش کیفیت مطلوب پوسته تخم مرغ در مواردی همچون حملونقل و تبادلات گازی محتوای داخل تخم مرغ با بیرون از آن و نیز یکی از روشهای بهبود صفات، با تکیه بر ساختار ژنتیکی صفت، اعمال انتخاب ژنتیکی است؛ در این پژوهش با هدف مطالعه پروفایل بیان ژن و تعیین ژنهای شاخص با بیان متفاوت، دادههای خام توالی ترانسکریپتوم دو گروه مرغ با پوسته تخم سخت و ضعیف در سه مرحله از دوره آهکی شدن پوسته بهترتیب شامل مراحل شروع، رشد و خاتمه مورد بررسی قرار گرفت. ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) 18 نمونه از بافت رحم با سه تکرار در هر مرحله از هر گروه از پایگاه داده NCBI اخذ گردید و سپس بهترتیب مراحل پیشپردازش خوانشها با نرمافزارهای SRAtookit، fastQC و Trimmomatic، همردیفی و مکانیابی خوانشها با نرمافزارهای Hisat2 و Samtools و سپس آنالیز بیان و بیان افتراقی با پکیج نرمافزاری Cufflinks انجام شد، در انتها آنالیز هستیشناسی ژنهای شاخص در دو پایگاه داده DAVID و Ensemble مورد بررسی قرار گرفت. در نتیجه آنالیز بیان افتراقی، 28833 ژن بر روی ترانسکریپتوم نمونهها شناسایی شد که در نهایت، 1338 ژن در مرحله شروع، 81 ژن در مرحله رشد و 190 ژن در مرحله خاتمه با بیان متفاوت و معنیدار شناسایی شد (P<0.00025). با در نظر گرفتن log2(fold_change)> 4 و log2(fold_change)< -4، 51 ژن در مرحله شروع، دو ژن در مرحله رشد و چهار ژن در مرحله خاتمه بهعنوان شاخصترین ژنها با بیان متفاوت و معنیدار مشخص شدند. آنالیز هستیشناسی ژنهای شاخص نشان داد، بهطور عمده بهترتیب در فعالیتهای اتصال پروتئین، تنظیم رونویسیDNA، پاسخ ایمنی، متابولیسم چربی و اتصال یون کلسیم نقش دارند. | ||
کلیدواژهها | ||
آهکی شدن پوسته؛ بیان افتراقی ژن؛ پوسته تخم مرغ؛ ترانسکریپتوم؛ هستیشناسی ژن | ||
مراجع | ||
| ||
آمار تعداد مشاهده مقاله: 188 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 15 |