همسانه‌سازی و بررسی تبارزایی جدایه‌های ایرانی narcissus latent virus براساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ’3 ژنوم

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 2، دوره 36، شماره 4 - شماره پیاپی 58، زمستان 1401، صفحه 413-422   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.2022.78357.1101

نویسندگان

زهره مرادی¹؛ محسن مهرور^{* 2}

¹گروه گیاهپزشکی، دانشکده علوم زراعی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

²گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، خراسان رضوی

چکیده

ویروس نهفته نرگس (narcissus latent virus, NLV) یکی از بیمارگرهای بسیار مهم و خسارت­زای ارقام تجاری گیاه نرگس و زنبق در سراسر جهان می­باشد. به منظور شناسایی این ویروس، گیاهان زنبق با علائم مشکوک ویروسی از شمال شرق کشور جمع‌آوری و ناحیه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی با روش رونویسی معکوس و واکنش زنجیره­ای پلی­مراز (RT-PCR) تکثیر و همسانه­سازی شد. ناحیه CP-UTR این جدایه­ها (سه جدایه) به همراه تعدادی از ترادف­های جدایه­های موجود در بانک ژن (24 جدایه) مقایسه و پس از انجام همردیف­سازی چندگانه، مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفتند. جدایه­های مورد مقایسه در درخت فیلوژنتیکی در دو گروه جداگانه قرار گرفتند ( I وII ) و جدایه­های ایرانی در کنار جدایه­هایی از لهستان، نیوزیلند، و بریتانیا در گروه II قرار گرفتند. مقایسه درصد مشابهت ژنتیکی نشان داد که جدایه­های ایرانی با سایر جدایه­های NLV بین 47/77 تا 12/98 درصد در سطح نوکلئوتیدی مشابهت دارند که به ترتیب بیشترین میزان شباهت (بین 65/97 تا 12/98 درصد) با جدایه NLV5_1 (JX270766) از لهستان و کمترین (بین 47/77 تا 95/77 درصد) با جدایه NLV3 (JX270762) از لهستان بود. همچنین تشابه توالی نوکلئوتیدی و آمینواسیدی سه جدایه ایرانی با یکدیگر به ترتیب 84/97-97 و 02/99-38/97 درصد تعیین گردید. میزان تنوع نوکلئوتیدی ناحیه CP-UTR  بین جدایه­های NLV، 130/0 به دست آمد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالای این ویروس در این ناحیه از ژنوم است. نتایج پژوهش حاضر می­تواند در برنامه­های به­نژادی مولکولی برای تولید ارقام مقاوم به ویروس مفید بوده و خسارت ناشی از بیماری را کاهش دهد.

کلیدواژه‌ها

آنالیز تبارزایی؛ ناحیهCP-UTR؛ ویروس نهفته نرگس؛ همسانه‌سازی؛ ایران

مراجع