شناسایی قارچ Polymyxa betae در ریشه های چغندرقند با استفاده از روش مولکولیRT-PCR در استان خراسان رضوی

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 3، دوره 23، شماره 1، مهر 1388   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v23i1.1876

نویسندگان

سارا قارونی کاردانی^{* 1}؛ بهروز جعفرپور²؛ ماهرخ فلاحتی رستگار²؛ فاطمه طبسی نژاد³

¹دانشجوی دکتری، دانشکده کشاورزی،دانشگاه فردوسی مشهد

²گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

³دانشجوی کارشناسی ارشد،دانشکده کشاورزی،دانشگاه فردوسی مشهد

چکیده

چکیده
قارچ پلی میکسا بتا (Polymyxa betae) از پارازیتهای اجباری و انتشار جهانی دارد. این قارچ خاکزاد و پارازیت داخلی ریشه برخی گیاهان مانند اعضاء خانواده های خرفه (Portulaceae)، سلمه (Chenopodiaceae)، تاج خروسیان (Amaranthaceae) و ناقل تعدادی از ویروسهای بیماریزای گیاهی از جمله ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندرقند(BNYVV) می باشد. این ویروس از لحاظ اقتصادی از مهمترین ویروسهای آلوده کننده چغندرقند است. اسپورهای این قارچ قادرند سالها در خاک خشک باقی بمانند. با توجه به اهمیت این ویروس، در تابستان 1384 اقدام به جمع آوری خاک و نمونه‌‌های مشکوک به آلودگی از مزارع چغندرکاری استان گردید و تعداد 48 نمونه از مزارع تربت حیدریه، چناران، نیشابور، فریمان و بجنورد جمع آوری شد. به منظور تشخیص ویروس BNYVV از آزمون داس الایزا (DAS-ELISA) استفاده گردید. از آزمون طعمه گذاری در خاک جهت جداسازی قارچ مورد نظر از خاک استفاده شد. شش هفته بعد ریشه ها از خاک خارج و پس از شستشو با آب در هیدروکسید پتاسیم 10درصد قرار داده شد. سپس قطعاتی از آنها جهت مشاهده فرم پایدار قارچ با میکروسکوپ نوری بررسی شدند. استفاده از میکروسکوپ نوری جهت تعیین پلی میکسا بتا به علت اشکال در رویت فرمهای نابالغ و کوچک و عدم تمایز بین زئوسپورانژیومها و اسپورهای مقاوم سایر قارچها غیر قابل اطمینان و زمان بر است. بنابراین استفاده از روش واکنش زنجیره ای پلیمراز به عنوان روشی سریع و دقیق مورد استفاده قرار گرفت. برای استخراج آر. ان. اِ از غده‌های نمونه‌های آلوده از روش رسوب با PEG6000 استفاده شد و بدنبال آن نسخه برداری به طریق وارونه (RT-PCR) جهت ساخت cDNA با استفاده از آغازگر اختصاصی ژنوم قارچ انجام پذیرفت. آزمون پی. سی. آر با استفاده از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشت ژنوم این قارچ بر اساس داده های مونیه و همکاران صورت گرفت. الکتروفورز محصول پی. سی. آر در ژل پلی اکریل آمید 5 درصد و نیز آگارز 5/1 درصد تکثیر قطعه ای به اندازه 170 جفت باز را تایید نمود که نشانگر آلودگی نمونه ها به قارچ پلی میکسا بتا بود. با بکار گیری این روش ردیابی قارچ پلی میکسا بتا به طور مستقیم از آر. ان. اِ استخراجی امکان پذیر می باشد.

واژه های کلیدی: پلی میکسا بتا، ویروس زردی نکروتیک رگبرگ چغندرقند (BNYVV)، آزمون داس الیزا، واکنش زنجیره ای پلیمراز