بررسی ویروس ابلقی میخک (CarMV) و آنالیز ژنومی یک جدایه ایرانی این ویروس (FUM2)

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 6، دوره 25، شماره 2 - شماره پیاپی 12، 1390   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v25i2.10102

نویسندگان

بهروز جعفرپور^{* 1}؛ محمد علی سبک خیز خیاط²؛ ماهرخ فلاحتی رستگار¹؛ سمیرا پاکباز³

¹دانشکده کشاورزی ،دانشگاه فردوسی مشهد

²دانشگاه فردوسی مشهد

³دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد

چکیده

چکیده
طی فصلهای زمستان و بهار سالهای 1386 و 1387، از گلخانه‌های اطراف مشهد و چناران تعداد 450 نمونه از گیاهان میخک که برگهای آنها دارای علایم رنگ‌پریدگی، ابلقی و بدشکلی بود، جمع‌آوری شد. با استفاده از آزمون ساندویچ دو طرفه الایزا نمونه‌های آلوده مشخص گردید.RNA ی کل گیاه با استفاده از محلول RNXTM (-Plus) از نمونه‌های جمع آوری شده استخراج گردید. کیت AccuPowerR RT Pre Mix Kit به همراه پرایمر اختصاصی برگشت هر دو قطعه مورد هدف جهت ساخت رشته cDNAی ویروسی به‌کار رفت. واکنش PCR نیز با استفاده از کیت AccupowerR PCR PreMix انجام شد. واکنش RT-PCR دو قطعه از ژنوم ویروس را به اندازه‌های تقریبی bp 1037 و bp 676 تکثیر کرد که جهت تعیین توالی محصولات PCR؛ مورد استفاده قرارگرفتند. توالی نوکلئوتیدی 3 ژن از قطعه bp 676 جدایه FUM2 با توالی نوکلئوتیدی 23 جدایه از سایر نقاط دنیا با کمک نرم‌افزارBioEdit و در ClustalW2 مقایسه و درخت فیلوژنتیکی رسم شد. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی جدایه ایرانی FUM2 در مقایسه با جدایه‌های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه مذکور در گروه I و در زیر گروه IA قرار می‌گیرد.

واژه های کلیدی: ویروس ابلقی میخک (CarMV)، FUM2، RT-PCR، درخت فیلوژنتیکی، تعیین توالی، ایران