مقایسه فیلوژنتیکی جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک با جدایه‌های دنیا بر اساس ترادف ژن پروتئین پوششی و ژن پروتئین حرکتی

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 3، دوره 28، شماره 4، اسفند 1393، صفحه 451-458   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v28i4.45301

نویسندگان

مهناز آشنایی^{* 1}؛ بهروز جعفرپور؛ سعید ملک زاده شفارودی^{* 2}؛ زینب حیدری نیا³

¹دانشگاه فردوسی مشهد

²فردوسی مشهد گروه بیوتکنولوژی

³دانشگاه فردوسی مشهد-مشهد

چکیده

ویروس خراشک حلقوی میخک (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانوادة Caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس میخک از نظر پراکنش در دنیا و تنها ویروس DNA دار گزارش شده از آن می‌باشد. بوته‌های آلوده به این ویروس از گلخانه چناران جمع‌آوری و با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای نواحی حفاظت شده از ژن پروتئین ‌پوششی و ژن پروتئین‌حرکتی ویروس، به ترتیب قطعاتی در اندازه تقریبی1500 و 1000جفت ‌باز تکثیر گردید. این جدایه به همراه دو جدایه موجود از این ویروس (هند و هلند) و نیز تعدادی از دیگر ترادف‌های کائولیموویروس‌ها در بانک ژن مقایسه و پس از همردیف‌سازی چند‌گانه درخت فیلوژنتیکی آن‌ها برای ژن پروتئین‌ پوششی و ژن پروتئین‌حرکتی CERV با روش Neighbor joining و با استفاده از نرم افزار DNAMAN و MEGA5 ترسیم گردید. این آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که در مورد ژن پروتئین‌پوششی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی به ترتیب با جدایه هلند 9/98 و 3/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 3/98 و 6/98 درصد می‌باشد. هم‌چنین در مورد ژن پروتئین‌حرکتی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی با جدایه هلند به ترتیب 7/97 و 6/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 1/96 و 9/98 درصد نشان داده ‌شد. این اولین گزارش از مطالعات مولکولی درباره ویروس خراشک حلقوی میخک در ایران است.

کلیدواژه‌ها

ویروس خراشک حلقوی میخک؛ آنالیز فیلوژنتیکی؛ Dianthus caryophyllus

مراجع

1- بیات ح. 1387. شناسایی سرولوژیکی و بررسی پراکنش برخی ویروس‌های میخک در گلخانه های تولید میخک شهرستان محلات خلاصه مقالات هجدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران، دانشگاه بوعلی سینا همدان. صفحه 536.

2- Buchen-Osmond C. 2006. Carnation etched ring virus: Description. CMI/AAB USA. Available at http://www.ictvdb.org/ICTVdB/00.015.0.01.003.htm (visited 7 November 2010).

3- Clark M.F., and. Adams N.A. 1977. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbant assay for the detection of plant viruses. General Virology, 34: 475-483.

4- Covey S.N., and Hull R. 1992. Genetic engineering with double strand DNA viruses. p. 217. In Wilson T. M. A. and Davies J. W (ed). Genetic engineering with plant viruses. part 7. CRC, Boca Raton.

5- Hollings M., and Stone O. M. 1961. Carnation etched ring: a preliminary report on an undescribed disease. p. 94-95. In report of the glasshouse crop research institute.

6- Hull R., and Donson J. 1981. Physical mapping of the DNAs of Carnation etched ring and Figwort mosaic viruses. Gene Virology, 60: 125-134.

7- Hull R., Sadler J., and Longstaff M. 1986. The sequence of Carnation etched ring virus DNA: comparison with Cauliflower mosaic virus and retroviruses. European Molecular Biology Organization, 5: 3083- 3090.

8- Kim K.S., Martin E.M., and Lee K.W. 1999. Cell-to-cell movement of plant viruses: ultrastructural aspects. Plant Pathology, 15: 193-198.

9- Kuluev B.R., Knyazev A.V., and Chemeris A.V. 2008. Activity of Promoters of Carnation etched ring virus and Dahlia mosaic virus in tobacco protoplast and transgenic plants, Russian Journal of Plant Physiology, 55: 687-693.

10- Lawson R.H., and Civerolo E.L. 1978. Carnation etched ring virus: purification, stability of inclusions, and properties of nucleic acid. Phytopathology, 68: 181- 188.

11- MC Ritchie J. ]J. 1980. Carnation etched ring virus, Plant Pathology circular No, 211. www.doacs.state.fl.us, Visited: 2010/7/23.

12- Pahalawatta V., Druffel K.L., Wyatt S.D., Eastwell K.C., and Pappu H.R. 2008. Genome structure and organization of a member of a novel and distinct species of the genus Caulimovirus associated with dahlia mosaic. Archives of Virology, 153:733-738.

13- Pallas V., Sanchez-Navarro J.A., Canizares M.C., and Cano E.A. 1999. A new test for detecting carnation viruses. Floraculture Int, 9: 32-34.

14- Puppa H.R., Druffel K.L., Miglino R., Van Schadewijk A.R. 2008. Nocleotid sequence and genome organization of a member of a new and distinct Caulimovirus species from dahlia. Archives virology, 153: 2145-2148.

15- Puppu H.R., and Druffel K.L. 2009. Use of conserved genomic regions and degenerate primers in a PCR-based assay for the detection of members of the genus Caulimovirus. Virological Methods, 157: 102-104.

16- Raikhy G., Hallan V., Kulshrestha S., Ram R., and Zaidi A.A. 2006. Complete nucleotide sequence of an Indian isolate of Carnation etched ring virus and its homology with other caulimoviruses. Current Science, 90:176- 187.

17- Raikhy G., Hallan V., Kulshrestha S., and Zaidia A.A. 2007. Polyclonal antibodies to the coat protein of Carnation etched ring virus expressed in bacterial system : Production & use in immunodiagnosis. Phytopathology, 155:616-622.

18- Sanchez-Navarro J.A., Canizares M.C., Cano E.A., and Pallas V. 1999. Simultaneous detection of five carnation viruses by non-isotopic molecular hybridization. Virological Methods, 82: 167-175.

19- Zhang Y- P., Uyemoto J.K., and Kirkpatrick B.C. 1998. A small-scale procedure for extracting nucleic acids from woody plants infected with various phytopathogens for PCR assay. Virology Method, 71: 45-50.