مقایسه فیلوژنتیکی جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک با جدایههای دنیا بر اساس ترادف ژن پروتئین پوششی و ژن پروتئین حرکتی | ||
| پژوهش های حفاظت گیاهان ایران | ||
| مقاله 3، دوره 28، شماره 4 - شماره پیاپی 26، 1393، صفحه 451-458 اصل مقاله (899.6 K) | ||
| نوع مقاله: مقالات پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v28i4.45301 | ||
| نویسندگان | ||
| مهناز آشنایی* 1؛ بهروز جعفرپور؛ سعید ملک زاده شفارودی* 2؛ زینب حیدری نیا3 | ||
| 1دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 2فردوسی مشهد گروه بیوتکنولوژی | ||
| 3دانشگاه فردوسی مشهد-مشهد | ||
| چکیده | ||
| ویروس خراشک حلقوی میخک (Carnation etched ring virus, CERV)، عضو جنس Caulimovirus و خانوادة Caulimoviridae است. این ویروس به عنوان دومین ویروس میخک از نظر پراکنش در دنیا و تنها ویروس DNA دار گزارش شده از آن میباشد. بوتههای آلوده به این ویروس از گلخانه چناران جمعآوری و با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای نواحی حفاظت شده از ژن پروتئین پوششی و ژن پروتئینحرکتی ویروس، به ترتیب قطعاتی در اندازه تقریبی1500 و 1000جفت باز تکثیر گردید. این جدایه به همراه دو جدایه موجود از این ویروس (هند و هلند) و نیز تعدادی از دیگر ترادفهای کائولیموویروسها در بانک ژن مقایسه و پس از همردیفسازی چندگانه درخت فیلوژنتیکی آنها برای ژن پروتئین پوششی و ژن پروتئینحرکتی CERV با روش Neighbor joining و با استفاده از نرم افزار DNAMAN و MEGA5 ترسیم گردید. این آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که در مورد ژن پروتئینپوششی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی به ترتیب با جدایه هلند 9/98 و 3/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 3/98 و 6/98 درصد میباشد. همچنین در مورد ژن پروتئینحرکتی شباهت جدایه ایرانی در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی با جدایه هلند به ترتیب 7/97 و 6/99 درصد و با جدایه هند به ترتیب 1/96 و 9/98 درصد نشان داده شد. این اولین گزارش از مطالعات مولکولی درباره ویروس خراشک حلقوی میخک در ایران است. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ویروس خراشک حلقوی میخک؛ آنالیز فیلوژنتیکی؛ Dianthus caryophyllus | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 10,622 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,348 |
||