مقایسه روش های استخراج آر.آن.ای برای شناسائی ویروس برگ بادبزنی مو

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 14، دوره 30، شماره 1 - شماره پیاپی 31، فروردین 1395، صفحه 127-133   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v30i1.40075

نویسندگان

زهرا غلامپور؛ محمد زکی عقل^*

فردوسی

چکیده

وجود مقادیر زیاد ترکیبات فنلی و پلی ساکاریدها در بافتهای مو از معضلات استخراج اسید نوکلئیک با کیفیت بالا از این گیاه است. به منظور ردیابی موثر ویروس برگ بادبزنی مو در تاکهای آلوده چهار روش استخراج RNA با یکدیگر مقایسه و روش استخراج اسید نوکلئیک از این گیاه بهینه سازی شد. کیفیت اسید نوکلئیک استخراج شده به روشهای اسپکتروفوتومتری و واکنش زنجیره ای پلی مراز با نسخه برداری معکوس تعیین شد. در بین روشهای مورد مقایسه اختلاف زیادی در نتایج مشاهده شد به نحوی که بعضی از این روشها قادر به شناسائی ویروس در بافت آلوده نبودند. در بین روشهای مورد بررسی، استفاده از CTAB-PVPP در بافر استخراج همواره بیشترین غلظت و بالاترین کیفیت اسید نوکلئیک را در پی داشت و ردیابی ویروس در اغلب نمونه ها امکان پذیر بود.

کلیدواژه‌ها

استخراج نوکلئیک اسید؛ مقایسه؛ ویروس برگ بادبزنی مو

مراجع

1- Bahloul M., and Burkard G.1993. An improved method for the isolation of total RNA from spruce tissues. Plant Molecular Biology Reporter, 11:212-215.

2- Boom R., Sol C.J.A., Salimans M.M.M., Jansen C.L., Wertheim-van Dillen P.M.E., Van der Noordaa. J. 1990. Rapid and simple method for purification of nucleic acids. Journal of Clinical Microbiology, 28:495-503.

3- Fattouch S., Acheche H., Mhirsi S., Mellouli L., Bejar S., Marrakchi M., and Marzouki N. 2005. RT-PCR–RFLP for genetic diversity analysis of Tunisian Grapevine fanleaf virus isolates in their natural host plants. Journal of Virological Methods, 127:126–132.

4- Gambino G., Perrone I., and Gribaudo I. 2008. A rapid and effective method for RNA extraction from different tissues of grapevine and other woody plants. Phytochemical Analysis, 19: 520–525.

5- Hajizadeh M., Sokhandan-bashir N., Niknam A., and Nikkhah Sh. 2007. Optimization of Nucleic Acid Extraction and RT-PCR for Detection of Grapevine fanleaf virus Isolates from Vineyards in North-West of Iran. Journal of Agricultural Science. 16: 145-156.

6- Hewitt W.B., Raski D.J., and Goheen A.C. 1958. Nematode vector of soil-borne fanleaf virus of grapevines. Phytopathology, 48:586-595.

7- Katterman F.R., and Shattuck V.I. 1983. An effective method of DNA isolation from the mature leaves of Gossypium species that contain large amounts of phenolic terpenoids and tannins. Preparative Biochemistry and Biotechnology, 13: 347-359.

8- Loulakakis K.A. Roubelakis-Angelakis K.A. and A.K. Kanellis. 1996. Isolation of functional RNA from grapevine tissues poor in nucleic acid content. American Journal of Enology and Viticulture, 47: 181-185.

9- MacKenzie D.J., Mclean M.A., Mukerji S., and Green M. 1997. Improved RNA extraction from woody plants for the detection of viral pathogens by reverse transcription-polymerase chain reaction. Plant Disease, 81:222-226.

10- Martelli G.P. 1993a. Grapevine degeneration - fanleaf. In: Martelli G.P. (ed). Graft-transmissible diseases of grapevines. Handbook for detection and diagnosis pp. 9-18. Food and Agriculture Organization of the United Nations Rome Italy.

11- Martelli G.P. 1993b. Graft-transmissible disease of grapevines. Handbook for detection and diagnosis. (Ed) G. P. Martelli (p. 263) FAO. Roma.

12- Naraghi-Arani P., Daubert S., and Rowhani A. 2001. Quasispecies nature of the genome of Grapevine fanleaf virus. Journal of General Virology, 82:1791-1795.

13- Noorinejad Zarqani Sh., Shamsbakhsh M., Sokhandan bashir N., and Pajoohandeh M. 2012. Identification and detection of Iranian osplates of Grapevine fanleaf virus using green-gfafting and RT-PCR. Iranian journal of Plant pathology, 48:381-391.

14- Raski D.J., Goheen A.C., Lider L.A., and Meredith C.P. 1983. Strategies against Grapevine fanleaf virus and its nematode vector. Plant Disease, 67:335-340.

15- Ritzenthaler C., Viry M., Pinck M., Margis R., Fuchs M., and Pinck L. 1991. Complete nucleotide sequence and organization of grapevine fanleaf nepovirus RNA1. Journal of General Virology, 72:2357-2365.

16- Rowhani A., Chay C., Golino D.A., and Falk W. 1993. Development of a polymerase chain reaction technique for the detection of Grapevine fanleaf virus in grapevine tissue. Phytopathology, 83:749-753.

17- Rowhani A., Manangas M.A., Lile L.S., Daubert S.D., and Golino D.A. 1995. Development of a detection system for viruses of woody plants based on PCR analysis of immobilized virions. Phytopathology, 85: 47-352.

18- Salzman R.A., Fujita T., Zhu-Salzman K., Hasegawa P.M., and Bressan R.A. 1999. An improved RNA isolation method for plant tissues containing high levels of phenolic compounds or carbohydrates. Plant Molecular Biology Reporter, 17:11-17.

19- Sanfacon H., Wellink J., Le Gall O., Karasev A., van der Vlugt R., and Wetzel T. 2009. Secoviridae: a proposed family of plant viruses within the order Picornavirales that combines the families Sequiviridae and Comoviridae, the unassigned genera Cheravirus and Sadwavirus, and the proposed genus Torradovirus. Arcives of Virology, 154:899-907.

20- Tattersall E., Ergul A.R., AlKayal A.F., DeLuc L., Cushman J.C., and Cramer G.R. 2005. Comparison of methods for isolating high-quality RNA from leaves of grapevine. American Journal of Enology and Viticulture, 56:400-407.

21- Tesniere C., and Vayda M.E. 1991. Method for the isolation of high-quality RNA from grape berry tissues without contaminating tannins or carbohydrates. Plant Molecular Biology Reporter, 9:242-251.

22- Vigne E., Komar V., and Fuchs M. 2004b. Field safety assessment of recombination in transgenic grapevines expressing the coat protein gene of Grapevine fanleaf virus. Transgenic Reearch, 13:165-179.

23- Vuittenz A. 1970. Fanleaf of grapevine. In: N. W. Frazier (ed). Virus disease of small fruits and grapevine. University of California, Berkeley, pp. 217-228.

24- Wetzel T.R., Jardak L., Meunier A., Ghorbel G., Reustle M., and Krczal G. 2002. Simultaneous RT-PCR detection and differentiation of arabis mosaic and Grapevine fanleaf nepovirus in grapevine with a single pair of primers. Journal of General Virology, 101: 63-69.