بررسی اثر چند ریختی تک نوکلئوتیدیBIEC2-808543 ژن LCORL براندازه بدنی اسب عرب ایرانی

پژوهشهای علوم دامی ایران

مقاله 10، دوره 12، شماره 1 - شماره پیاپی 41، فروردین 1399، صفحه 125-133   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.v12i1.78988

نویسندگان

زیبا ابریشمی مقدم¹؛ محسن میراسماعیلی¹؛ مرتضی بیطرف ثانی^{* 2}؛ مرتضی سیفتی³

¹دانشگاه علم و هنر یزد

²بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی یزد، سازمان تحقیقات ، آموزش و ترویج کشاورزی، یزد، ایران

³گروه زیست شناسی، دکتری تخصصی ژنتیک، مرکز تحقیقات زیست فناوری پزشکی، واحد اشکذر، دانشگاه آزاد اسلامی ، اشکذر، یزد

چکیده

اندازه بدنی یکی از ویژگی­های مهم برای ارزیابی و دسته­بندی اسب­ها می­باشد. تجزیه و تحلیل­های انجام شده با مطالعات پویش کل ژنومی نشان داده است که اسنیپ (SNP) BIEC2-808543 یکی از مهمترین چند ریختی های تک نوکلئوتیدی مرتبط با ارتفاع و اندازه بدن اسب­ها است. در این مطالعه، تعیین ژنوتایپ BIEC2-808543 برای ۱۴۱نمونه اسب اصیل عرب به وسیله PCR-RFLP صورت گرفت. پس از استخراج DNA، واکنش زنجیره­ای پلی­مراز برای تکثیر قطعه ۲۸۴ جفت بازی در ژن LCORL انجام شد. محصول PCR تحت تاثیر آنزیم برشی Alu1 در واکنش PCR-RFLP برای تعیین ژنوتایپ نمونه­ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان می­دهد که الل T در اسب عرب تثبیت شده است و بر این اساس فقط یک اسب با ژنوتایپ CT یافت شد و بقیه دارای ژنوتیپ TT بودند. میزان FST برآورد شده حاکی از این است که توزیع فراوانی آللی و ژنوتیپی اسنیپ BIEC2-808543 در دو نوع اسب رده­های کورس و زیبایی یکسان می­باشد. مقایسه امتیازات داوری، نشان داد که اختلاف معنی­داری بین امتیاز دست و پا و گردن در بین اسب­های کورس و غیر کورس نمی­باشد. در این مطالعه مشخص شد که اندازه دور قفسه سینه در اسب­های کورس بیشتر از اسب­های غیر کورس است و این اختلاف معنی­دار بود.

کلیدواژه‌ها

اسب عرب؛ اندازه بدنی؛ BIEC2-808543؛ LCORL

مراجع

- Baron, E., M. Lopes, D. Mendonca, and A. da Câmara Machado. 2012. SNP identification and polymorphism analysis in exon 2 of the horse myostatin gene. Animal Genetics, 43(2), 229-232.

2- Bruce, A., A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, and P. Walter. 2002. Molecular Biology of the Cell, 4th edition. New York: Garland Science. ISBN-10: 0-8153-3218-1ISBN-10: 0-8153-4072-9.

3- Felt, V. 2016. Genetic analysis of conformation traits in Icelandic horses with a focus on head morphology and body length.

4- Frischknecht, M., V. Jagannathan, P. Platte, M. Neuditschko, H. Signer-Hasler, I. Bachmann, and C. Flury. 2015. A non-synonymous HMGA2 variant decreases height in Shetland ponies and other small horses. PloS one, 10(10), e0140749.

5- He, S., L. Zhang, W. Li, and M. Liu. 2015. BIEC2-808543 SNP in the LCORL gene is associated with body conformation in the Yili horse. Animal biotechnology. 26(4),289-291.6- Makvandi-Nejad, S., et al. 2012. Four Loci Explain 83% of Size Variation in the Horse. PLoS ONE, 7(7): p. e39929.

7- Metzger, J., et al. 2013. Expression levels of LCORL are associated with body size in horses. PLoS One, 8(2): p. e56497.

8- Okuda, Y., H. H. Moe, K. K. Moe, Y. Shimizu, K. Nishioka, T. Shimogiri, and T. Kunieda. (2017). Genotype distribution and allele frequencies of the genes associated with body composition and locomotion traits in Myanmar native horses. Animal Science Journal, 88(8), 1198-1203.

9- Petersen, J. L., J. R. Mickelson, A. K. Rendahl, S. J. Valberg, L. S. Andersson, J. Axelsson, and A. S. Borges. 2013. Genome-wide analysis reveals selection for important traits in domestic horse breeds.PLoS Genetics, 9(1), e1003211.

10- Signer-Hasler, H., et al. 2013. A genome-wide association study reveals loci influencing height and other conformation traits in horses. PLoS One, 7(5): p. e37282.

11- Staiger, E. A., M. Al Abri, K. M. Pflug, S. Kalla, D. Ainsworth, D. Miller, and S. A. Brooks. 2016. Skeletal variation in Tennessee Walking Horses maps to the LCORL/NCAPG gene region. Physiological Genomics, 48(5), 325-335.

12- Tetens, J., P. Widmann, C. Kühn, and G. Thaller. 2013. A genome‐wide association study indicatesLCORL/NCAPG as a candidate locus for withers height in German Warmblood horses. AnimalGenetics, 44(4), 467-471.

13- Tozaki, T., et al. 2016. Sequence variants of BIEC2-808543 near LCORL are associated with body composition in Thoroughbreds under training. Journal of Equine Science, 27(3): p. 107.

14- Weir, Bruce S., and C. Clark Cockerham. 1984. "Estimating F‐statistics for the analysis of population structure." Evolution, 38(6):1358-1370.