تعیین توالی کامل RNA2 یک جدایه از ویروس موزاییک کدو (SqMV) از استان خراسان جنوبی در ایران

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 2، دوره 33، شماره 2 - شماره پیاپی 44، 1398، صفحه 135-141   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v33i1.73339

نویسندگان

محدثه گرامی نوقابی؛ محسن مهرور^* ؛ محمد زکی عقل

فردوسی مشهد

چکیده

ویروس موزاییک کدو (Squash mosaic virus, SqMV)، تقریبا در تمامی نقاط کشت این محصول در دنیا گسترده بوده، و یکی از عوامل مهم خسارت و کاهش بازارپسندی این محصول می‌باشد. به منظور شناسایی و بررسی برخی از خصوصیات مولکولی ویروس موزاییک کدو، در سال 1394 از مزارع عمده کشت خربزه در استان خراسان جنوبی، تعداد 62 نمونه برگی دارای علائم جمع‌آوری شد. نمونه‌های جمع‌آوری شده توسط آزمون مولکولی  RT-PCRمورد بررسی قرار گرفتند .در این آزمون با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده مربوط به پروتئین پوششی، قطعه‌ای به طول bp1900 جهت شناسایی نمونه‌های آلوده تکثیر گردید. سپس از بین نمونه‌های آلوده، یک نمونه (شهرستان طبس) انتخاب، و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، RNA2 ویروس به طول 3271 جفت باز، طور کامل تعیین توالی گردید. RNA2 ایزووله طبس دارای یک ORF بوده که با AUG121 آغاز و در UAG3148 پایان یافته و پلی پروتئینی به طول 1009 آمینواسید را کد می‌کند. مقایسه توالی پلی پروتئین RNA2 بدست آمده با جدایه‌های موجود در بانک ژن نشان داد، که جدایه تعیین توالی شده دارای بیشترین درصد تشابه در سطح نوکلئوتیدی (45/88 درصد) و آمینو اسیدی (59/90 درصد)، با جدایه‌ای از استرالیا (شماره دسترسی MF166754) بوده و کمترین درصد تشابه آن در سطح نوکلئوتیدی (82/86 درصد) با جدایه‌ای از ژاپن (شماره دسترسی NC_003800) و در سطح آمینواسیدی (36/86 درصد) با جدایه اسپانیا (شماره دسترسی KP223324)، بود. بررسی‌های فیلوژنتیکی جدایه‌های SqMV را در دو گروه مجزا قرار داد که جدایه خراسان جنوبی- طبس درکنار جدایه‌هایی از چین (EU 421060)، آریزونا (AF059532) و اسپانیا در یک زیرگروه قرار گرفت که نشان‌دهنده قرابت این جدایه‌ها با یکدیگر است.

کلیدواژه‌ها

ویروس موزاییک کدو؛ RNA2؛ خربزه؛ ایران

مراجع