تعیین توالی کامل RNA2 یک جدایه از ویروس موزاییک کدو (SqMV) از استان خراسان جنوبی در ایران

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 2، دوره 33، شماره 2 - شماره پیاپی 44، تیر 1398، صفحه 135-141   

نوع مقاله: مقالات پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v33i1.73339

نویسندگان

محدثه گرامی نوقابی؛ محسن مهرور^* ؛ محمد زکی عقل

فردوسی مشهد

چکیده

ویروس موزاییک کدو (Squash mosaic virus, SqMV)، تقریبا در تمامی نقاط کشت این محصول در دنیا گسترده بوده، و یکی از عوامل مهم خسارت و کاهش بازارپسندی این محصول می‌باشد. به منظور شناسایی و بررسی برخی از خصوصیات مولکولی ویروس موزاییک کدو، در سال 1394 از مزارع عمده کشت خربزه در استان خراسان جنوبی، تعداد 62 نمونه برگی دارای علائم جمع‌آوری شد. نمونه‌های جمع‌آوری شده توسط آزمون مولکولی  RT-PCRمورد بررسی قرار گرفتند .در این آزمون با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده مربوط به پروتئین پوششی، قطعه‌ای به طول bp1900 جهت شناسایی نمونه‌های آلوده تکثیر گردید. سپس از بین نمونه‌های آلوده، یک نمونه (شهرستان طبس) انتخاب، و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، RNA2 ویروس به طول 3271 جفت باز، طور کامل تعیین توالی گردید. RNA2 ایزووله طبس دارای یک ORF بوده که با AUG121 آغاز و در UAG3148 پایان یافته و پلی پروتئینی به طول 1009 آمینواسید را کد می‌کند. مقایسه توالی پلی پروتئین RNA2 بدست آمده با جدایه‌های موجود در بانک ژن نشان داد، که جدایه تعیین توالی شده دارای بیشترین درصد تشابه در سطح نوکلئوتیدی (45/88 درصد) و آمینو اسیدی (59/90 درصد)، با جدایه‌ای از استرالیا (شماره دسترسی MF166754) بوده و کمترین درصد تشابه آن در سطح نوکلئوتیدی (82/86 درصد) با جدایه‌ای از ژاپن (شماره دسترسی NC_003800) و در سطح آمینواسیدی (36/86 درصد) با جدایه اسپانیا (شماره دسترسی KP223324)، بود. بررسی‌های فیلوژنتیکی جدایه‌های SqMV را در دو گروه مجزا قرار داد که جدایه خراسان جنوبی- طبس درکنار جدایه‌هایی از چین (EU 421060)، آریزونا (AF059532) و اسپانیا در یک زیرگروه قرار گرفت که نشان‌دهنده قرابت این جدایه‌ها با یکدیگر است.

کلیدواژه‌ها

ویروس موزاییک کدو؛ RNA2؛ خربزه؛ ایران

مراجع

1- Avgelis A.D., and Katis N. 1989. Occurrence of Squash mosaic virus in melons in Greece. Plant Pathology 38: 111-113.

2- Bananej K., and Vahdat A. 2008. Identification, distribution and incidence of viruses in field grown cucurbit crops of Iran. Phytopathologia Mediterranean 47: 247-257.

3- Campbell R.N. 1971. Squash mosaic virus. Description of plant viruses. Applied Biology. No. 43, 4p.

4- Chinnadurai C., Ramkissoon A., Rajendran R., Tony S.T., Ramsubhag A., and Jayaraj J. 2015. First Report of Zucchini yellow mosaic virus and Squash mosaic virus Infecting Cucurbits in Trinidad. Plant Disease 100: 866-870.

5- Freitag J.H. 1956. Beetle transmission, host rang and properties of Squash mosaic virus. Phytopathology 46: 73-81.

6- Goldbach R.W., and Wellink J. 1996. Comoviruses: molecular biology and replication. In The Plant Viruses. Polyhedral Virions and Bipartite RNA Genomes 5: 35-76.

7- Haudenshield J.S., and Palukaitis P. 1998. Diversity among isolates of squash mosaic virus. Journal of General Virology 79: 2331–2341.

8- Hu J., Zhou T., Liu L., Peng B., Li H., Fan Z., and Gu Q. 2009. The genomic sequences of a Chinese isolate of Squash mosaic virus with novel 5' conserved ends. Virus Genes 38: 475–477.

9- Hull R. 2002. Mathews Plant Virology. Academic press New York.

10- Kempo W.G., Wieda J., and Patrick Z.A. 1972. Squash mosaic virus in muskmelon and distributed commercially in Ontario. Canadian Plant Disease 52: 58-59.

11- Kendrick J.B. 1934. Cucurbit mosaic transmitted by muskmelon seed. Phytopathology 24: 820-823.

12- Li R., Gao A.S., Berendsen B.S., Fei C.Z., and Linga B.K. 2015. Complete Genome Sequence of a Novel Genotype of Squash Mosaic Virus Infecting Squash in Spain. Genome Announcements. V3. 13-14.

13- Nasr Abadi A., Mehrvar M., and Zaki Aghl M. 2018. Identification and Molecular Analysis of Squash mosaic virus in Khorasan Razavi, Southern Khorasan and Mazandaran Provinces. Journal of Plant Protection 31: 576-580.

14- Nelson M.R., and Knuhtsen H.K. 1973. Squash mosaic virus variability: review and serological comparisons of six biotypes. Phytopathology 63: 920–926.

15- Privvidenti R., Gonsalves D., and Humaydan H.S. 1984. Occurrence of Zucchini yellow mosaic virus in cucurbits from Connecticut, New York, Florida, and California. Plant Disease 68: 443-446.

16- Samiee A. 2004. Identification, distribution and some characteristics of viruses that infect greenhouse Iran. Master thesis. Master thesis. 158pp.

17- Shamshiri N. 2008. Biology and genome characterization features Squash mosaic virus isolates in Iran. Master thesis. Shahid Bahonar university of Kerman.

18- Sobhani A.R., and Hmidi H. 2015.Melon breeding and production management. Tak press.

19- Yoshida K., Goto T., Nemoto M., and Tsuchizaki T. 1980. Squash mosaic virus isolated from melon (Cucumis melo L.) in Hokkaido. Annual Phytopathology Society Japan, 46: 349–356.

20- Zimmern D. 1975. The 5' end group of tobacco mosaic virus RNA is m7 G5'ppp5'Gp. Nucleic Acids Research 2: 1189–1201.