اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات49
تعداد شماره‌ها1,845
تعداد مقالات19,508
تعداد مشاهده مقاله9,292,228
تعداد دریافت فایل اصل مقاله6,524,934
جوادمنش, علی, طهمورث پور, مجتبی, محمدی, فهیمه. (1401). فراتحلیل داده‌های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن‌های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند. سامانه مدیریت نشریات علمی, (), -. doi: 10.22067/ijasr.2023.79909.1111
علی جوادمنش; مجتبی طهمورث پور; فهیمه محمدی. "فراتحلیل داده‌های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن‌های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند". سامانه مدیریت نشریات علمی, , , 1401, -. doi: 10.22067/ijasr.2023.79909.1111
جوادمنش, علی, طهمورث پور, مجتبی, محمدی, فهیمه. (1401). 'فراتحلیل داده‌های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن‌های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند', سامانه مدیریت نشریات علمی, (), pp. -. doi: 10.22067/ijasr.2023.79909.1111
جوادمنش, علی, طهمورث پور, مجتبی, محمدی, فهیمه. فراتحلیل داده‌های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن‌های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1401; (): -. doi: 10.22067/ijasr.2023.79909.1111

فراتحلیل داده‌های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن‌های مؤثر در رشد و نمو عضله گوسفند

پژوهشهای علوم دامی ایران
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 16 بهمن 1401    اصل مقاله (1.06 M)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.2023.79909.1111
نویسندگان
علی جوادمنش* 1؛ مجتبی طهمورث پور2؛ فهیمه محمدی3
1فردوسی مشهد
2دانشگاه فردوسی مشهد
3خراسان جنوبی. شهر فردوس . شهرک ولیعصر. خیابان سعدی. سعدی ۱۹. پلاک ۳۱
چکیده
امروزه می‌توان با روش‌های بیوانفورماتیکی می‌توان داده‌های حاصل از مطالعات و پلتفرم‌های مختلف را ادغام و از آن‌ها بهره برد. در این مطالعه با ادغام داده‌های ریزآرایه و RNA-Seq بافت عضله‌ی گوسفند نژاد تکسل موجود در پایگاه داده به مقایسه پروفایل ترنسکریپتومی عضله در دو مقطع سنی جنینی و بلوغ پرداخته شد. برای محاسبه مقادیر بیانی داده‌ی ریزآرایه مربوط به دوران جنینی از بسته‌های نرم‌افزاری Limma، Biobase و GEOquery در محیط R و برای محاسبه مقادیر بیانی داده‌ی RNA-Seq از پروتکل Tuxedo و بسته‌ی نرم‌افزاری HTSeq در محیط لینوکس و بسته‌ی‌نرم‌افزاری DESeq2 در محیط R استفاده شد. سپس دو نوع مقادیر بیانی ادغام شدند. نتایج نشان داد در بافت عضله بین مقطع سنی بلوغ و جنینی بیان 62 ژن (37 ژن افزایش و 25 ژن کاهش بیان) اختلاف معناداری داشتند. با رسم شبکه ژنی بین ژن-های افتراقی، 15 ژن منتخب MYH1، ACTN3، CASQ1، TMOD4، FBP2، SLC2A4، MX1، COX4I1، SOD2، MFN2،UQCRB ، UCP3، PRKAB2، PHKG2، PPP1R3C شناسایی شدند. عملکرد این ژن‌ها در تکثیر سلولی، تشکیل میوفیبریل‌ها و متابولیسم‌های چربی‌زایی ثابت شده‌است. آنالیز هستی‌شناسی ژن‌های افتراقی نقش برخی از این ژن‌ها مثل ACTN3 وCASQ1 را در فرآیندهای زیستی مثل توسعه سلول عضلانی مخطط، مسیرهای علامت‌دهی Calcineurin-NFAT و JAK-STAT آشکار کرد. این مطالعه علاوه بر تایید روش ادغامی داده‌های ناهمگن، دیدی کلی از تفاوت‌های ترنسکریپتومی بافت عضله‌ی‌ گوسفند تکسل در دو مقطع مهم سنی را فراهم آورد تا ژن‌های منتخب معرفی‌شده منبع مفیدی برای بررسی‌های زیستی ژن‌های مربوط به رشد و نمو عضله باشد.
کلیدواژه‌ها
ادغام داده‌های ناهمگن؛ بیان افتراقی ژن‌ها؛ شبکه‌ی ژنی؛ هستی‌شناسی ژن‌ها
مراجع
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 98
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 93


سامانه مدیریت نشریات علمی. قدرت گرفته از سیناوب