ردیابی و تجزیه و تحلیل ژنوم کامل ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine deformation virus) از تاکستان‌های استان خراسان رضوی

پژوهش های حفاظت گیاهان ایران

مقاله 6، دوره 38، شماره 2 - شماره پیاپی 64، تیر 1403، صفحه 171-181   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.2024.85726.1168

نویسندگان

زهرا غلام پور¹؛ محمد زکی عقل^{* 1}؛ محسن مهرور¹؛ عزالدین سی امور²

¹گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

²استاد مرکز تحقیقات و نوآوری، مؤسسه فوندازیون ادموند مخ، سان میکله آل آدیگ، ایتالیا

چکیده

نپوویروس‌ها عامل زوال عفونی مو در سراسر دنیا هستند. ویروس بدشکلی برگ انگور (Grapevine deformation virus-GDefV) با نام جدید Nepovirus deformationis به زیرگروه A جنس نپوویروس تعلق دارد. علائم GDefV به‌صورت بدشکلی برگ انگور، کوتولگی و زوال درختچه است. GDefV در اغلب موارد در آلودگی مخلوط با ویروس برگ بادبزنی مو مشاهده می­شود. برای شناسایی و تعیین توالی ژنوم کامل GDefV سه نمونه‌ انگور با علائم رشد کپه­ای و زوال در بهار سال ۱۳۹۸ از شهرستان کاشمر در استان خراسان رضوی در شمال‌شرق ایران جمع‌آوری شدند. پس از استخراج RNA از دمبرگ برگ‌های جوان مو، شناسایی اولیه GDefV در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز انجام شد. سپس کتابخانه‌هایی از RNA های کوچک از سه تاک مورد بررسی تهیه و در پلت فرم ایلومینا تعیین توالی شدند. پس از پالایش خوانش‌ها، 15 میلیون خوانش باکیفیت مناسب برای آنالیزهای پایین‌دست باقی ماندند. که از آن­ها، ژنوم سه جدایه ایرانی GDefV به طول 7386 و 3753 نوکلئوتید بازسازی شد. مقایسه ترادف این جدایه­ها با توالی‌های GDefV موجود در GenBank بیانگر شباهت 3/94-6/87 درصدی در سطح نوکلئوتیدی و 5/90-8/88 درصد در سطح آمینواسیدی بود. در درخت‌های فیلوژنتیک ترسیم‌شده، جدایه‌های شمال شرق ایران در شاخه‌ای مجزا از سایر جدایه‌های GDefV قرار گرفتند. مقاله حاضر اولین گزارش از تحلیل ژنوم و تبارزایی جدایه‌های GDefV از تاکستان‌های ایران را ارائه می‌دهد.

کلیدواژه‌ها

ژنوم کامل؛ فیلوژنی؛ ویروس بدشکلی برگ انگور؛ RNAهای کوچک؛ Nepovirus

مراجع