شناسایی نشانه های انتخاب مثبت مرتبط با تولید و ترکیبات شیر در بزهای نژاد مورسیا-گرانادینا و بارکی

پژوهشهای علوم دامی ایران

مقاله 7، دوره 16، شماره 4 - شماره پیاپی 60، زمستان 1403، صفحه 543-554   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.2024.87463.1196

نویسندگان

حسین محمّدی^* ؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران.

چکیده

انتخاب‌های طبیعی و مصنوعی انجام شده نشانه‌های قابل شناسایی را در ژنوم بزهای امروزی به جا گذاشته است که شناسایی این نشانه‌ها می‌تواند به اصلاح و بهبود ژنتیکی در این حیوانات کمک کند. هدف از این مطالعه، شناسایی ژن‌های کاندیدای و مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت در بزهای نژاد مورسیا-گرانادینا و بارکی از طریق روش‌های شناسایی ردپای انتخاب می‌باشد. در این پژوهش اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 923 رأس بزهای نژاد مورسیا-گرانادینا و 68 رأس بزهای بارکی تعیین ژنوتیپ شده توسط آرایه‌های Caprine 50K BeadChip استفاده شد. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده‌ها، برای شناسایی نشانه‌های انتخاب از روش آماری FST به‌وسیله برنامه R استفاده شد. ژن-های کاندیدا با استفاده از SNP‌هایی که در بازه‌ی 1/0 درصد بالای ارزش FST، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart شناسایی شدند. برای بررسی وجود QTL‌های مرتبط با صفات مربوط به صفات مهم اقتصادی در مناطق شناسایی ‌شده معنی‌دار، از آخرین نسخه‌ی منتشر شده پایگاه genome Animal استفاده شد. درنهایت برای تفسیر بهتر عملکرد ژن‌های به دست آمده از پایگاه‌های اطلاعاتی آنلاینGeneCards و UniProtKBاستفاده شد. نتایج این پژوهش منجر به شناسایی هفت ناحیه ژنومی بر روی کروموزوم‌های 4، 6، 14، 15 (دو نقطه)، 17و 23با بالاترین ارزش آماره FST شد. ژن‌های شناسایی شده در مناطق مورد انتخاب شامل IGFBP3، ADCY1، ABCG2، ZNF16، NR1H3، POLD3، BAG2 و MGST2 بودند و دارای نقش عملکردی در تولید شیر، سنتز و تولید چربی شیر، سنتز و تولید پروتئین شیر و حجم کلسترول شیر داشتند. بررسی QTLهای گزارش شده در مناطق انتخابی و اورتولوگوس گاوی در مناطق شناسایی شده، مرتبط با تولید و ترکیبات شیر قرار داشتند. به هر حال نیاز به بررسی‌های پیوستگی و عملکردی بیشتری جهت شناسایی عملکرد ژن‌ها می‌باشد. نتایج این تحقیق می‌تواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل کننده صفات تولید و ترکیبات شیر مورد استفاده قرار گیرد.

کلیدواژه‌ها

آماره FST؛ بز؛ پویش ژنومی؛ پروتئین شیر؛ چربی شیر

مراجع