مشکلات پیش روی تشخیص فیتوپلاسماها با استفاده از آزمون Nested PCR | ||
| پژوهش های حفاظت گیاهان ایران | ||
| مقاله 16، دوره 29، شماره 4 - شماره پیاپی 30، زمستان 1394، صفحه 624-917 اصل مقاله (546.04 K) | ||
| نوع مقاله: مقالات پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/jpp.v29i4.45988 | ||
| نویسندگان | ||
| کبری مسلم خانی* 1؛ ساره بقائی راوری2؛ پژمان خدایگان3 | ||
| 1تربیت مدرس/موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال | ||
| 2دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 3ولی عصر رفسنجان | ||
| چکیده | ||
| توانمندی تشخیص و ردیابی صحیح فیتوپلاسماها از گیاهان، اهمیت به سزایی در کنترل موثر این عوامل و جلوگیری از گسترش آنها از طریق مواد گیاهی آلوده دارد. استخراج DNA به گونه ای که کمترین مواد ممانعت کننده و بیشترین میزان ماده ژنتیکی فیتوپلاسما حاصل گردد، در موفقیت آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز و صحت نتایج حاصل از آن تاثیرگذار است. در این تحقیق، مقایسه روش های مختلف استخراج DNA نشان داد که استفاده از روش مناسب، در کاهش واکنش منفی کاذب اهمیت دارد. اما حتی در روش موفق استخراج DNA مبتنی بر استفاده از ستون نیز واکنش های منفی کاذب هرچند به تعداد اندک اما به صورت پراکنده وجود دارد. این امر می تواند ناشی از غلظت پایین و پراکنش نامنظم سلول-های فیتوپلاسمایی در بافتهای گیاه میزبان باشد. بر اساس نتایج حاصل از تعیین توالی قطعه تکثیر شده با ترکیب آغازگری P1/P7-R16F2n/R16R2، واکنش مثبت دروغین در برخی تکرارهای آزمون Nested PCR به دست آمد. به منظور کاهش آلودگی های متقاطع و اجتناب از واکنش های مثبت دروغین، آزمون Single Tube Nested PCR بهینه سازی گردید. علیرغم دستیابی به محاسن مختلف این روش از جمله سهولت اجرا، صرفه جویی در هزینه و زمان و همچنین توان ردیابی بیمارگر در غلظت های پایین، متاسفانه واکنش های مثبت کاذب در تعداد کمی از نمونه ها همچنان مشاهده شد. در مجموع نتایج حاصل از روش Nested PCR با یک ترکیب آغازگری و به تنهایی برای ردیابی و ارزیابی-های وسیع باغات و مزارع کفایت نمی کند و استفاده از ترکیبات پرایمری مختلف، تعیین توالی و یا هضم آنزیمی به منظور اجتناب از واکنش مثبت دروغین توصیه می گردد. | ||
| کلیدواژهها | ||
| چالش ها؛ ردیابی و واکنش زنجیره ای پلیمراز | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 8,326 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,428 |
||