پیش بینی و تایید in silico ریزRNA ها در بافت های مختلف گوسفند با منشا کروموزوم20

پژوهشهای علوم دامی ایران

مقاله 8، دوره 11، شماره 2 - شماره پیاپی 38، تابستان 1398، صفحه 233-245   

نوع مقاله: علمی پژوهشی- ژنتیک و اصلاح دام و طیور

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ijasr.v1397i1.74619

نویسندگان

وحیده عباسی¹؛ محمدرضا نصیری²؛ علی جوادمنش^{* 1}

¹گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

²گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

چکیده

در سال­های اخیر با روشن­شدن اهمیت ریزRNAها در فرآیندهای حیاتی بدن موجودات زنده، شناسایی ژن­های ریزRNA اهمیت زیادی پیدا کرده­است از سویی دیگر روش­های بیوانفورماتیکی نیز گسترش یافته و سبب شده تا روند شناسایی ریزRNAها با سرعت بیشتر و هزینه­ی کمتری پیش برود. تحقیقات در سال­های اخیر بر روی گونه­های زیادی از جمله انسان و موش و همچنین حیوانات اهلی از قبیل گاو و بز و مرغ باعث­شده تا در این گونه­ها ریزRNAهای زیادی گزارش شود با این حال در گونه­ی گوسفند هنوز اطلاعات نسبتا کمی وجود ­دارد. در این مطالعه پس از پیش­بینی ریزRNAهای کروموزوم 20 گوسفند، جهت تایید با اورتولوگ­ها در سایر گونه­ها مقایسه و در نهایت برای بررسی بیان از داده­های ترنسکریپتوم گوسفند استفاده شد همچنین در این تحقیق برای ارزیابی روش مورد استفاده از داده­های شاهد مثبت استفاده شد. با استفاده از این روش در کل 400 ریز RNA و از این تعداد 81 ریزRNA جدید در کروموزوم 20 گوسفند پیش­بینی شدند. بررسی ترنسکریپتوم نشان داد که از این تعداد 33 ریزRNA فقط در بافت عضله، 10 ریزRNA فقط در بافت کبد، 35 ریزRNA در هر دو بافت کبد و ماهیچه و 3 ریزRNA نیز در مخلوط بافت­های قلب، کلیه، مغز، تخمدان، پوست، چربی سفید و ریه بیان شدند. مقایسه با پایگاه داده miRbase مشخص کرد که تعداد 64 ریزRNA از ریزRNAهای پیدا شده برای اولین بار گزارش شدند. حساسیت و دقت انتخاب این روش برابر 67 و 95 درصد ارزیابی شد و از این رو می­توان گفت این روش می­تواند به عنوان مکمل روش­های پیش­بینی ریزRNA اطلاعات ارزشمندی را فراهم کند. از این روش می توان برای پیش بینی ریزRNAها در سایر کروموزوم های گوسفند و یا در سایر پستانداران استفاده نمود.

کلیدواژه‌ها

روش از آغاز؛ بیوانفورماتیک؛ ریزRNAها؛ گوسفند

مراجع