مقایسه تنوع میکروبی دوغ گوسفندی عشایر ناحیه سومار به کمک روش های نسل جدید توالی‌یابی و مولکولی وابسته به کشت

نشریه پژوهشهای علوم و صنایع غذایی ایران

مقاله 1، دوره 14، شماره 5 - شماره پیاپی 53، آذر و دی 1397، صفحه 685-698   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

شناسه دیجیتال (DOI): 10.22067/ifstrj.v14i5.69335

نویسندگان

نفیسه دعوتی^{* 1}؛ شهره حسامی²

¹گروه علوم و صنایع غذایی، دانشکده صنایع غذایی بهار، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران.

²گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه بوعلی سینا، همدان، ایران.

چکیده

برخی مردم نگران مصرف مواد غذایی ارگانیکی هستند که احتمالا توسط ریزسازواره‌های بیماری‌زا آلوده شده‌اند، زیرا برخی از این مواد غذایی تحت شرایط بهداشتی ضعیف تولید می‌شوند. هدف از این مطالعه ارزیابی کیفیت بهداشتی دوغ گوسفندی از عشایر سومار و شناسایی کل جامعه میکروبی آن به‌خصوص باکتری‌های اسید لاکتیک می‌باشد. مجموع 40 باکتری اسید لاکتیک از 3 نمونه دوغ گوسفندی جدا گردید. این جدایه‌ها براساس روش مولکولی وابسته به کشت، توسط تکثیر ژن 16S rRNA با پرایمرهای یونیورسال27F و 1492R و توالی‌یابی، به‌صورت Lactobacillus apis 20% Lactobacillus ultunensi,10% Pediococcus argentinicus, 10% و Lactobacillus delbrueckii 40% شناسایی گردیدند. این شناسایی توسط روش مولکولی مستقل از کشت براساس نسل جدید توالی یابی آمپلیکون‌های ژن 16S ribosomal RNA کامل شد. نواحی V3 و V4 از ژن 16S rRNA تکثیر شد و توسط پلتفرم Illumina MiSeq توالی‌یابی گردید. این داده‌ها با نرم‌افزار BaseSpace و بانک اطلاعاتی greengenes آنالیز گردید. جامعه میکروبی دوغ گوسفندی برپایه نسل جدید توالی‌یابی در سطح جنس به‌صورت 08/94% Lactobacillus، 07/1% Pediococcus، 33/0% Streptococcus، 20/0% Enterococcus، 11/0% Candidatus Blochmannia، 11/0% Alkalibacillus، 06/0% Cohnella و 02/3% باکتری غیرقابل طبقه‌بندی شناسایی شدند. در سطح گونه به‌صورت 82/24% Lactobacillus equicursoris، 81/51% Lactobacillus delbrueckii، 61/3% Lactobacillus apis، 79/2% Lactobacillus ultunensis، 86/0% Lactobacillus taiwanensis، 85/0% Lactobacillus gigeriorum، 42/0% Pediococcus argentinicus و 64/13% باکتری غیرقابل طبقه‌بندی شناسایی شدند. روش نسل جدید توالی‌یابی در شناسایی تنوع میکروبی دوغ صحیح‌تر و بهتر شناخته شد. نتایج نشان داد دوغ گوسفندی عشایر سومار از کیفیت ضعیف بهداشتی برخوردار است اما هیچ باکتری بیماری‌زایی در این محصول شناسایی نگردید.

کلیدواژه‌ها

نسل جدید توالی یابی؛ دوغ؛ گوسفند؛ عشایر

مراجع

طباطبایی، م. و پورمظاهری، ه.، 1391، متاژنومیکس و کاربرد آن در شناسایی تنوع ژنتیکی اکوسیستم های میکروبی. فصلنامه ژنتیک نوین، 7 (4)، 313-324.

Alegria, Á., Álvarez-Martin, P., Sacristan, N., Fernandez, E., Delgado, S. & Mayo, B., 2009. Diversity and evolution of the microbial populations during manufacture and ripening of Casin, a traditional Spanish, starter-free cheese made from cow's milk. International journal of food microbiology, 136(1), 44-51.

Ashmaig, A., Hasan, A. & Gaali El, E., 2009. Identification of lactic acid bacteria isolated from traditional Sudanese fermented camel’s milk (Gariss). African Journal of Microbiology Research, 3(8), 451-457.

Asmahan Azhari, A., 2011. Isolation and Identification of Lactic Acid Bacteria Isolated from Traditional Drinking Yoghurt in Khartoum State, Sudan. Current Research in Bacteriology, 4, 16-22.

Azadnia, P. & Khan Nazer, A. H., 2009. Identification of lactic acid bacteria isolated from traditional drinking yoghurt in tribes of Fars province. Iranian Journal of Veterinary Research, 10 (3), 235-240.

Benson Harold, J., 1967. Microbiological applications; a laboratory manual in general microbiology.

Cardinal. M. J., Meghrous, J., Lacroix, C. and Simard, R. E., 1997. Isolation of Lactococcus Lactis Strains Producing Inhibitory Activity against Listeria. Food Biotechnology. 11(2), 129-46.

Cho, E.A., Lee, J.S., Lee, K.C., Jung, H.C., Pan, J.G. & Pyun, Y.R., 2007. Cohnella laeviribosi sp. nov., isolated from a volcanic pond. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 57(12), 2902-2907.

De Bruyne, K., Franz, C., Vancanneyt, M., Schillinger, U., Mozzi, F., de Valdez, G. F., De Vuyst, L & Vandamme, P., 2008. Pediococcus argentinicus sp. nov. from Argentinean fermented wheat flour and identification of Pediococcus species by pheS, rpoA and atpA sequence analysis. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 58, 2909-2916.

Feldhaar, H., Straka, J., Berthold, K., Krischke, M., Mueller, M.J., Gross, R. & Stoll, S., 2007. Nutritional upgrading for omnivorous carpenter ants by the endosymbiont Blochmannia. BMC biology, 5(1), 48.

Garcia-Fraile, P., Velazquez, E., Mateos, P.F., Martinez-Molina, E. & Rivas, R., 2008. Cohnella phaseoli sp. nov., isolated from root nodules of Phaseolus coccineus in Spain, and emended description of the genus Cohnella. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 58(8),1855-1859.

Goldstein, E. J., Tyrrell, K. L. & Citron, D. M., 2015. Lactobacillus Species: Taxonomic Complexity and Controversial Susceptibilities. Clinical Infectious Diseases, 60 (2), S98-S107.

Gulat-Okalla, M. L., Motreff, L., Gouyette, C., Bouchier, C., Clermont, D. & Bizet, C., 2012. Lactobacillus gigeriorum sp. nov., isolated from chicken crop Sylvie Cousin. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 62, 330–334.

Harrigan, W., 1998. Laboratory methods in food microbiology: Gulf Professional Publishing.

Khedid, K., Faid, M., Mokhtari, A., Soulaymani, A. & Zinedine, A., 2009. Characterization of lactic acid bacteria isolated from the one humped camel milk produced in Morocco. Microbiological research, 164(1), 81-91.

Killer, J., Dubna, S., Sedlacek ,I. & Švec, P., 2014. Lactobacillus apis sp. nov., from the stomach of honeybees (Apis mellifera), having an in vitro inhibitory effect on the causative agents of American and European foulbrood. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 64, 152–157.

Mohania, D., Nagpal, R., Kumar, M., Bhardwaj, A., Yadav, M., Jain, S., Marotta, F., Singh, V., Parkash, O. & Yadav, H., 2008. Molecular approaches for identification and characterization of lactic acid bacteria. Journal of digestive Diseases, 9(4), 190-198.

Moraes, P. M., Perin, L. M., Silva, J. A. & Nero, L. A., 2013. Comparison of phenotypic and molecular tests to identify lactic acid bacteria. Brazilian Journal of Microbiology, 44(1), 109-12.

Morita, H., Shimazu, M., Shiono, H. & Hattori, M., 2010. Lactobacillus equicursoris sp. nov., isolated from the faeces of a thoroughbred racehorse. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 60(1), 109-12.

Ouadghiri, M., Amar, M., Vancanneyt, M. & Swings, J., 2005. Biodiversity of lactic acid bacteria in Moroccan soft white cheese (Jben). FEMS microbiology letters, 251(2), 267-271.

Romano, I., Lama, L., Nicolaus, B., Gambacorta, A. & Giordano, A., 2005. Alkalibacillus filiformis sp. nov., isolated from a mineral pool in Campania, Italy. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 55(6), 2395-2399.

Roos, S., Engstrand, L. & Jonsson, H., 2005. Lactobacillus gastricus sp. nov., Lactobacillus antri sp. nov., Lactobacillus kalixensis sp. nov. and Lactobacillus ultunensis sp. nov., isolated from human stomach mucosa. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 55(1), 77-82.

Ruiz-Barba, J.L., Maldonado, A. & Jimenez-Diaz, R., 2005. Small-scale total DNA extraction from bacteria and yeast for PCR applications. Analytical biochemistry, 347(2), 333-335.

Salminen, S. & Von Wright, A. eds., 2004. Lactic acid bacteria: microbiological and functional aspects. CRC Press. Marcel Dekker, 139, 73-103.

Usami, R., Echigo, A., Fukushima, T., Mizuki, T., Yoshida, Y. & Kamekura, M., 2007. Alkalibacillus silvisoli sp. nov., an alkaliphilic moderate halophile isolated from non-saline forest soil in Japan. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 57(4), 770-774.

Wang, L.T., Kuo, H.P., Wu, Y.C., Tai, C.J. & Lee, F.L., 2009. Lactobacillus taiwanensis sp. nov., isolated from silage. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 59(8), 2064-2068.